對于清理玻璃鋼水箱的人來說，玻璃鋼水箱表面很好處理，不好清理的就是玻璃鋼水箱內部了，清理步驟可以分為清理和深度清理作業。
清理分為三步(基礎事態作業)
1、用藥水、白潔布對裝配式不銹鋼水箱上體及設備(人孔、扶梯、透氣管、進出水管等)的銹斑進行處理；
2、清除沉淀物：清除箱頂、底部的腐蝕點及沉淀物和廢水；
3、清除附著物：不銹鋼水箱對沒有完全清理掉的附著物、鐵銹等作一次全面的清理；
第二步：深度清理作業
1、用高壓水龍頭再次全面清洗；
2、殘留水處理：清理后把殘留的水處理掉，徹底干凈水箱內部。